造紙過(guò)程中常見(jiàn)的微生物種類有細(xì)菌和真菌（包括酵母菌和粘液菌）。各種微生物生長(zhǎng)的共性是要有足夠的碳源、氮源和礦物質(zhì)，其次是適宜的溫度，最好為室溫。對(duì)堿性造紙微生物以細(xì)菌種屬為主；而對(duì)酸性造紙則以真菌為主。

細(xì)菌：細(xì)菌是一種普遍存在于自然界中的原核生物，即單細(xì)胞生物。細(xì)菌基本的形狀有球狀、桿狀和螺旋狀等。細(xì)菌的細(xì)胞膜包含了細(xì)胞質(zhì)、遺傳物質(zhì)和酶等，它是細(xì)胞與外界進(jìn)行新陳代謝的橋梁。大多數(shù)種類細(xì)菌的外層都有一層堅(jiān)硬的細(xì)胞壁，它是由細(xì)菌特有的一類肽聚糖構(gòu)成。細(xì)菌的體積較小，其細(xì)胞的直徑一般在1~500微米。細(xì)菌適宜在堿性范圍內(nèi)、溫度在25~30℃之間繁殖，對(duì)氧氣的需求一般，其新陳代謝的產(chǎn)物主要有氨、胺、酸和二氧化碳?xì)怏w等。 在造紙過(guò)程中細(xì)菌是主要大量存在得微生物種類，也是引起微生物污染的主要元兇。因?yàn)樗鼈冇兄浅：?jiǎn)單的結(jié)構(gòu)，能夠很快的適應(yīng)周?chē)沫h(huán)境。并且在造紙過(guò)程中有著非常有利于細(xì)菌生長(zhǎng)繁殖的環(huán)境，特別是堿性造紙。

真菌：真菌是一種普遍存在的單細(xì)胞或多細(xì)胞（包含多核細(xì)胞）生物，其中真核類的細(xì)胞中不含有葉綠素。和細(xì)菌不同，大多數(shù)種類真菌的細(xì)胞壁是由多聚糖構(gòu)成。真菌可以分為兩大類：真菌類和粘液菌類。 大部分真菌的細(xì)胞壁上都連接著一種叫作菌絲的物質(zhì)，菌絲是一種管狀的有分枝或無(wú)分枝的細(xì)絲，大量的菌絲連接在一起形成菌絲體。例如酵母這種在造紙過(guò)程中常見(jiàn)的真菌，它的菌絲體可以延伸很大的范圍，以幫助酵母菌從周?chē)沫h(huán)境中獲得更多的營(yíng)養(yǎng)元素。

在造紙過(guò)程中真菌主要以酵母和粘液菌的形式存在。和細(xì)菌相比真菌是一種體積大而且更復(fù)雜和更特殊得微生物（體積是細(xì)菌的50倍）。許多真菌具有很強(qiáng)的抗?jié)B透性，例如在一些造紙助劑中有可能發(fā)現(xiàn)真菌類微生物。另外，真菌能夠適應(yīng)很寬的pH值范圍，尤其在酸性范圍內(nèi)。真菌也能夠在很高的溫度下（50℃以上）生存。但是與細(xì)菌相比，真菌在造紙過(guò)程中的數(shù)量很少，因?yàn)槠渖L(zhǎng)繁殖的速度要比細(xì)菌小得多。

粘液菌一般會(huì)在紙機(jī)上形成纖維狀或絨毛狀的沉淀物或生物膜，而酵母則較易形成橡膠狀或皮革狀的生物膜。任何一種生物膜都有可能帶有顏色。當(dāng)粘液菌和酵母菌存在于漿料或白水中時(shí)，纖維、填料、化學(xué)助劑和其他一些微生物都會(huì)被吸附在由粘液菌和酵母菌形成的生物膜或沉淀物中，直到脫落進(jìn)人到漿料中。由于真菌的含量較少與細(xì)菌相比其形成生物膜或沉淀物的可能性要小的多。真菌對(duì)造紙化學(xué)品如瓷土、淀粉、二氧化鈦、鋁土和涂料等有著重要的影響。其中，鋁土最容易受到污染，使其pH值波動(dòng)而產(chǎn)生沉淀，從而堵塞設(shè)備。